Описание

В данной работе автором была создана новая платформа, которая позволяет хранить, унифицировать и анализировать результаты ПГИА признаков овец. Веб-интерфейс платформы доступен по адресу:pheligeovis.icgbio.ru. С помощью платформы было проведено многомерное исследование ранее опубликованных данных, в результате которого обнаружено 12 локусов (из них 8 новых), ассоциирующихся с признаками мясной продуктвности у овец. Для новых 8 локусов было приоритизировано 13 генов. Один из 8 локусов (в районе генов FAM3C и WNT16) был реплицирован с использованием выборки российских овец. Для 12 найденных локусов было 4 выявлено два связныхграфа функционального взаимодействия. Первый состоит из 3 ранее известных генов (LCORL, SLC16A11 и GHR) и одного нового (FAM3C/WNT16). Второй состоит из уже известного локуса MEG8_2 и нового SHISAL1. Это позволяет выдвинуть гипотезу о биологической и функциональной связи этих генов с помощью механизмов зависимой регуляции экспрессии. Была показана эффективность платформы, которая позволяет провести фундаментальные генетические анализы, в том числе анализ колокализации, а также использовать ее для создания маркер-ориентированных моделей селекции. Впервые для овец был проведен анализ колокализации.
Основные результаты диссертации, изложенные в диссертации, получены и проанализированы автором. Программное обеспечение платформы GWASMAP|ovis было предоставлено коллегами из МФТИ. Создание веб интерфейса и создание программной структуры и создание веб-интерфейса было проведено сотрудниками лаборатории рекомбинационного, сегрегационного и рекомбинационного анализа ИЦиГ СО РАН. Создание каталогов неравновесия по соцеплению, наполнение платформы, тестирование базы данных QTL и генетический анализ проводились автором личным вкладом.